Доктор экономических наук, профессор, заслуженный деятель науки и техники РФ, академик РАЕН, почетный доктор ГУУ. В настоящее время — главный научный сотрудник Института экономики РАН, заведующий кафедрой организации управления ГУУ. Член ряда зарубежных академий и ассоциаций (США, Италии, Испании, Финляндии, Бельгии и других стран), член редколлегии ряда российских и зарубежных журналов.
Автор более 350 научных публикаций, в том числе 15 монографий и учебников по проблемам организации производства, управления и экономического механизма, в том числе: «Теория организации» (2005, 5-е изд.), «Управление знаниями» (2003), «Организация программно-целевого управления» (1980), «Реформы управления и управление реформами» (1994), «Проблемы межотраслевого управления» (1982). Работы Б. З. Мильнера изданы в 14 зарубежных странах.